El origen de la ciudad es muy discutido, se sabe que estaba habitada durante la prehistoria puesto que se han descubierto herramientas y dólmenes al oeste de la ciudad.
Pero su más fuerte hipótesis es que el oppidum ibérico de Salduba es el asentamiento de época antigua más cercano a lo que hoy en día es la localidad de Estepona.
En la época musulmana, Al-extebunna existe una fortaleza que es la que da el topónimo que da nombre a la ciudad.
También es un hecho destacable el importante combate naval de unas treinta galeras en aguas de Estepona sobre el año 1342.
En el siglo XV, durante la época musulmana, los habitantes se niegan a pagar impuestos al Rey Enrique IV que autoriza una incursión cristiana.
En la época de la reconquista, se protege la costa con la construcción de un nuevo poblado y una fortaleza.
En el intervalo entre los siglos XV y XIX no se registra un destacable aumento demográfico. La población empieza a crecer a finales del siglo XX y desde ese momento es cada vez mayor.
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