El origen de la ciudad es muy discutido, se sabe que estaba habitada durante la prehistoria puesto que se han descubierto herramientas y dólmenes al oeste de la ciudad.

Pero su más fuerte hipótesis es que el oppidum ibérico de Salduba es el asentamiento de época antigua más cercano a lo que hoy en día es la localidad de Estepona.

En la época musulmana, Al-extebunna existe una fortaleza que es la que da el topónimo que da nombre a la ciudad.

También es un hecho destacable el importante combate naval de unas treinta galeras en aguas de Estepona sobre el año 1342.

En el siglo XV, durante la época musulmana, los habitantes se niegan a pagar impuestos al Rey Enrique IV que autoriza una incursión cristiana.

En la época de la reconquista, se protege la costa con la construcción de un nuevo poblado y una fortaleza.

Juana la Loca, somete a Estepona a la dependencia de Marbella hasta la llegada de Felipe V, cuando los esteponeros reciben, la carta de villazgo (1729), que dice textualmente: “De mi propio motu Cierta Sciencia y Podería Real absoluto de que en esta parte quiero usar y uso como Rey y Señor Natural no reconociente superior en lo temporal, eximo, saco y libro a vos dicha ciudad de Estepona de la jurisdicción de dicha ciudad de Marbella y su término y os hago villa de por sí con jurisdicción civil y criminal, alta y baja mero mixto Imperio en primera instancia, para que los alcaldes y ordinarios que ahora son y adelante fuesen de esa dicha villa y los ministros que nombraseis privativamente la puedan usar y ejercer en ella y en su término y territorio”.

En el intervalo entre los siglos XV y XIX no se registra un destacable aumento demográfico. La población empieza a crecer a finales del siglo XX y desde ese momento es cada vez mayor.