La presencia musulmana (durante quinientos años) han hecho que, tanto la arquitectura como la organización urbanística de Jaén, de visibles muestras de esta influencia Andalusí. Durante la dominación árabe se fijan las líneas del desarrollo urbano de Jaén, convirtiéndose en una plaza fortificada que jugará un enorme papel en las luchas internas de este período histórico.

Posteriormente, tras el paso Musulmán por la ciudad, Alhamar, rey de Jaén entregó la ciudad a Fernando III, quedando esta en manos cristianas. Este monarca ordena la construcción de un nuevo Alcázar, actualmente conocido como el Castillo de Santa Catalina y trasladó la sede episcopal de Baeza a Jaén, es en este momento cuando la ciudad de convierte en la capital del reino.

Posteriormente, entre 1460 y 1473, Don Miguel Lucas de Iranzo, inicia una reforma de la antigua ciudad medieval evolucionando a la futura ciudad renacentista.
Esta etapa renacentista es una de las más importantes para el desarrollo de Jaén. La ciudad se convierte en una de las más importantes de Castilla. Basa su economía entonces en las cosechas de cereales así como en la industria del sector de pieles y el sector artesanal, convirtiéndose en una de las más importantes de España. Todo esto hace que se convierta en la capital política y administrativa del reino.

También de esta época es la nueva Catedral, que muestra el esplendor de la ciudad y que también se convierte en centro cultural para artistas.

A pesar de este esplendor, el siglo XIX convertirá a la ciudad, durante la Guerra de la Independencia, en una plaza clave de interés logístico y estratégico, que al final trae consigo una inevitable decadencia económica de la que Jaén no se recuperará. La ciudad se convierte en una capital provinciana con una endeble economía basada en la actividad agraria, la administración y los servicios. A partir de 1960 Jaén inicia de nuevo un notable crecimiento que acabará por transformar por completo su casco urbano.